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令和2年度 医療機関・薬局等における感染拡大防止等支援事業補助金に係る消費税等の仕入控除税額の報告について
大阪府へ本報告がお済みではない医療機関等の皆様へ、令和6年8月中旬以降からメールまたは郵送で報告依頼を行っております。
通知を受け取られた皆様は、下記内容をご確認の上、速やかに本報告を行っていただきますようよろしくお願いします。
消費税等の仕入控除税額の概要
- 補助事業に伴う補助金収入は、消費税法上の不課税取引に該当します。
- 一方、補助事業の対象経費は、課税収入として課税売上から仕入税額控除することも可能となっており、事業経費に含まれる消費税はその全部又は一部が控除されるため、当該消費税額について、補助事業者は実質的に負担していないことになります。
- このため、補助事業完了後の消費税及び地方消費税の申告により仕入控除税額が確定した場合は、大阪府へ速やかに報告し、当該仕入控除税額を返還していただくことがあります。
- 仕入控除税額について、詳しくは税理士・所轄の税務署にお問い合わせいただくか、国税庁HP（外部サイトへリンク）（別ウィンドウで開きます）をご覧ください。
対象補助金
令和2年度大阪府新型コロナウイルス感染症医療機関・薬局等における感染拡大防止等支援事業補助金
- 令和2年4月1日から令和3年3月31日にかけて、新型コロナ感染症の院内等での感染拡大を防ぐための取組を行った
病院・診療所・薬局・訪問看護ステーション・助産所に対して、感染拡大防止対策や診療体制確保等に対する費用を補助したものです。
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交付対象 |
交付上限額 |
| 病院（医科・歯科） | 200万円＋5万円×病床数 |
| 有床診療所（医科・歯科） | 200万円 |
| 無床診療所（医科・歯科） | 100万円 |
| 薬局・訪問看護ステーション・助産所 | 70万円 |
報告対象者
- 本補助金の交付を受けたすべての医療機関等
※消費税等の申告義務がないなど、返還額がない場合でも報告が必要です。 - 補助事業を実施した期間（令和2年4月1日から令和3年3月31日）を含む課税期間にかかる消費税及び地方消費税の確定申告をしているかご確認のうえ、以下の報告手続きにお進みください。
※消費税等の確定申告の有無が不明な場合などは、税理士・所轄の税務署等にご相談ください。
報告方法
下記のURLより大阪府行政オンラインシステムにログインし、仕入控除税額を報告してください。
返還有無に関わらずすべての報告をシステムから提出していただく必要があります。
【大阪府行政オンラインシステムURL】
報告はこちらから（外部サイトへリンク）（別ウィンドウで開きます）
【仕入控除税額報告マニュアル】報告マニュアル（PDF：4,862KB）（別ウィンドウで開きます）
【補助金確定額・交付決定番号等が不明な場合】確定額等検索表（医療機関コード必要）（エクセル：776KB）
- 初めてシステムを利用される場合は、上記マニュアルを参照の上、登録手続きからお進みください。
- 報告にあたっては、顧問税理士等の利用者アカウントからご報告いただいても構いません。
- ご報告には本補助金の確定額の情報が必要となりますが、お手元に当時の通知書がなく不明な場合は、
上記の『確定額等検索表』へ医療機関コードをご入力の上、確定額をお調べください。 - 仕入控除税額の返還有無や、確定申告の方式によりシステムでアップロードいただく書類が異なりますので、以下の表を確認いただきご準備願います。
（システムの手続きを進めていくと、画面上でも案内がございます）
※個人事業主や3月決算以外の法人の場合、課税期間が2期にまたがります。
その場合、補助金を充てた経費の課税期間ごとに振り分けて、補助金額も課税期間ごとに対応するよう按分し、2期分を分けてご報告いただく必要があります。
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確定申告の方式等（システム内で選択いただきます） |
アップロード必要書類（システム内で案内があります） |
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返還 あり |
個別対応方式 |
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| 一括比例配分方式 | ||
| 全額控除（課税売上割合95%以上かつ課税売上高5億円以上） | ||
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返 還 な し |
消費税の申告義務がない |
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| 簡易課税方式により確定申告している |
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| 公益法人等であり、特定収入割合が5％を超えている |
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補助対象経費に係る消費税等を、個別対応方式において「非課税売上のみに要するもの」として申告している |
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| 補助金を充てた経費が人件費等の消費税非課税の経費のみである |
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大阪府行政オンラインシステムによる報告が難しい場合
郵送用マニュアルをご確認のうえ、報告様式と添付書類（必要な場合のみ）を以下のあて先まで郵送してください。
【郵送用仕入控除税額報告マニュアル】郵送用マニュアル（PDF：2,048KB）（別ウィンドウで開きます）
【郵送あて先】
〒540-8570 大阪市中央区大手前2丁目
大阪府健康医療部 保健医療室感染症対策課 事業推進グループ 感染拡大防止支援金仕入控除担当 宛
連絡先：06-4397-3253 平日9時30分から18時まで（12時15分から13時を除く）
【報告様式】
- 消費税及び地方消費税にかかる仕入控除税額報告書 様式1及び2
様式（エクセル：37KB） 様式（PDF：492KB） - 添付書類の見本（消費税にかかる確定申告書等の写し、申告書等の確認箇所）
消費税等の確定申告書（見本）（PDF：1,103KB）
報告期限
令和7年1月17日（金曜日）
根拠・よくあるお問い合わせ
- 仕入控除税額の報告が必要である根拠（交付要綱の第8条（9））➡大阪府新型コロナウイルス感染症に係る医療機関・薬局等における感染拡大防止等支援事業補助金交付要綱（PDF：226KB）
- 仕入控除税額の報告のよくあるお問い合わせ➡FAQ（外部サイトへリンク）
大阪府への報告後の流れ
【仕入控除税額0円（返還なし)の場合】
提出書類に不備がなければ、行政オンラインシステムでの提出をもって手続きは完了し、連絡はいたしません。
【仕入控除税額（返還額）ありの場合】
大阪府で返還額の確認を行い各事業所へ納入通知書を送付します。
納入通知書の記載内容をご確認のうえ、記載の期日までに金融機関で納付してください。
府における返還額の確認及び返納通知書の送付には時間を要しますので何卒ご理解いただきますようお願いします。